El Juzgado Central de Instrucción número uno de la Audiencia Nacional expidió una Orden Europea de Detención contra Garaizar por colaboración con banda armada y conspiración para asesinato terrorista en el mes de octubre de 2000 en Santiago de Compostela.
Garaizar planeó presuntamente el asesinato del presidente de la Xunta de Galicia Manuel Fraga en 2001 cuando formaba parte del 'comando Zapaburu' (renacuajo). La etarra llegó a Galicia en octubre de 2000 como integrante de este comando junto a Alicia Sáez de la Cuesta. Las dos jóvenes se instalaron en Santiago de Compostela haciéndose pasar por estudiantes, primero en una pensión y después en un piso que alquiló Garaiza.
El comando fue desarticulado el 26 de marzo de 2001 en Galicia. Mientras Garaizar lograba huir, Sáez de la Cuesta, otra miembro del comando, fue detenida reconociendo ante la Guardia Civil que preparaba un atentado contra el presidente de la Xunta de Galicia, Manuel Fraga, y que entre sus objetivos se encontraban los conselleiros José Antonio Orza Fernández, y Celso Currás Fernández.
Incluso admitió que había llegado a comer en el mismo restaurante al que suele acudir Fraga. Nerea Garaizar era una de las terroristas más buscadas cuando el 6 de diciembre de 2001 un control de la Gendarmería francesa se interpuso en el camino del coche que conducía y en el que también viajaba Iñaki Lizundia y Gabriel Sáez Totorikaguena.
Garaizar aceleró para saltarse el control y poco después perdió el control del vehículo y a unos 80 kilómetros de Pau acabó en la cuneta. Ella y Totorikaguena no opusieron resistencia, pero Iñaki Lizundia disparó a los gendarmes, que le hirieron de bala al repeler la agresión.
Detenida hace más de cinco años
Finalmente, Garaizar fue detenida en diciembre de 2001 en Auch, a 80 kilómetros al oeste de Toulusse, por agentes de la Gendarmería Francesa. Junto a ella iban otros dos presuntos etarras y en el coche en que viajaban, un Renault Clío que había sido robado, fueron incautadas dos pistolas de 9 milímetros parabellum, unas 750.000 pesetas en francos, placas de matrícula falsificadas y juegos de llaves y bombines para el robo de vehículos.
Por otra parte, la Fiscalía de la Audiencia Nacional considera que Garaizar, junto a Ainara Esterán, David Plá y Aitor Lorente, elaboró información que un pistolero de ETA utilizó para descerrajar tres disparos al senador y presidente del PP en Aragón Manuel Giménez Abad, cuando éste se dirigía al estadio del Zaragoza el 7 de mayo de 2001 junto a su hijo.
Sin embargo, el juez Santiago Pedraz archivó la causa por considerar que no había indicios suficientes para procesar a los cuatro terroristas por este crimen, en una decisión que ratificó la Sala de Lo Penal de la Audiencia Nacional.
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